我跟你们说,DNAStar这软件,说白了就是个搞分子生物学、基因分析的工具,不用扯那些专业术语。简单讲就是,你做基因测序、分析DNA或者蛋白质序列,比如拼接基因片段、比对序列差异、设计PCR引物,用它都能搞定。真的,不用自己手动算,把测序数据导进去,点几下就能出结果,还能生成分析报告,不管是学生党做生物课设、写毕业论文,还是打工人做基因研究、实验分析,用它都特合适。它看着全是英文界面和专业按钮,其实比想象中好上手,就是第一次用的时候,我是真懵圈。说实话,我第一次用它,是大学上分子生物学课,老师说课设要做基因序列比对,必须用这个,我才硬着头皮接触。
| 软件名称:DNAStar |
| 软件语言:简体中文 | DNA分析设计软件 |
| 系统要求:Windows7或更高, 32/64位操作系统 |
| 硬件要求:CPU@2+GHz ,RAM@4G或更高 |
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10、复制如下图文件夹
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12、复制如下图文件
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18、复制如下图文件
19、点替换
20、到此就结束了,开始菜单多了如下一些程序
第一次打开DNAStar,我是真懵圈,界面全是英文,左边是序列列表,中间是分析区,上面一堆菜单栏,什么SeqMan、MegAlign、Protean,看得我头都大了。我对着屏幕看了半天,都不知道怎么把测序得到的序列文件导进去,更别说做序列拼接和比对了。
我还踩了个巨坑,就是不知道它是个软件包,里面包含好几个小模块,每个模块功能不一样,老师让用SeqMan拼接序列,我却点开了MegAlign,折腾了快一个小时,怎么都拼不了序列,急得我直挠头。后来问了学长才知道,SeqMan是用来拼接序列的,MegAlign是用来做序列比对的,每个模块各司其职,当时真的觉得自己太笨了,连模块都分不清。还有,我刚开始导入序列的时候,选错了文件格式,把.fastq文件当成了其他格式,导进去之后全是乱码,白忙活半天,后来才知道,它支持多种序列格式,一定要选对才行。
大学做课设的时候,这软件真的救了我。当时要做一个基因序列的拼接和比对,收集了一堆测序数据,要求拼接出完整的基因序列,还要比对不同样本的序列差异,用手算根本不可能,还容易出错。我用DNAStar里的SeqMan模块,把测序数据导进去,一键拼接,很快就得到了完整的基因序列,再用MegAlign模块做比对,清楚地看到了不同样本的序列差异,还能生成进化树,不到一天就完成了课设。答辩的时候,老师都夸我的分析做得专业,数据也准确,顺利拿了高分,当时别提多开心了。
说实话,刚开始用的时候,我觉得它巨难学,那些英文模块、专业参数,根本搞不懂,比如拼接序列的时候,不知道该选哪种拼接策略,乱点一通,出来的序列全是错的。我当时还抱怨,不就是分析个基因序列吗,至于搞这么复杂?但用久了才发现,它是真的实用,不用懂太深的分子生物学原理,跟着提示操作就行,而且分析结果特别精准,写论文的时候直接用,省老多事了,越用越顺手。
工作之后,我做基因研究相关的工作,每天都要用它。比如上次做一个微生物基因分析的项目,客户要求拼接微生物的基因组序列,还要预测蛋白质结构,用DNAStar,我用SeqMan拼接基因组,再用Protean模块预测蛋白质二级结构,还能鉴定抗原区,很快就完成了分析,给客户提交了详细的报告,客户特别满意。它还能设计PCR引物,有时候做实验需要设计引物,用里面的PrimerSelect模块,输入参数,一键就能生成合适的引物,不用自己手动设计,真的太香了。而且它虽然吃电脑配置,但只要关掉多余软件,分析起来也很流畅,不用一直等。
我跟你们说,新手用这个软件,真的有好多坑要踩,我当初踩的坑,现在想起来都觉得好笑。第一个坑就是分不清里面的模块,新手刚开始千万别贪多,先搞懂常用的几个模块,比如SeqMan拼接、MegAlign比对,等熟练了再学其他的,不然只会越学越懵。
第二个坑,就是导入文件时选错格式,新手不知道它支持哪些格式,随便导,结果要么导不进去,要么显示乱码。我总结的经验就是,新手刚开始导入序列,优先选.fastq或者.fasta格式,这两种是最常用的,基本不会出错,要是还是导不进去,就先检查文件格式,再重启软件试试。还有一个坑,就是忘了保存分析结果,DNAStar有时候会闪退,我就吃过好几次亏,分析了半天的序列,没保存,电脑一卡,之前的努力全白费,后来我就每分析完一步就保存一次。
还有个常见问题,就是软件卡顿、闪退,尤其是分析大量序列数据的时候。其实很简单,关掉后台多余的软件,比如浏览器、微信,把没用的序列文件关掉,简化分析任务,就能流畅很多。另外,新手很容易找不到序列比对的功能,其实就在MegAlign模块里,点开之后,导入序列,一键就能比对,特别方便,我刚开始找了半天都没找到。
给新手分享个小经验,刚开始用DNAStar,不用把所有功能都搞懂,先学会导入序列、用SeqMan拼接、用MegAlign比对、保存结果这几个基础操作就行。常用的操作记几个,导入序列就是点“文件”里的“导入”,拼接序列用SeqMan,比对用MegAlign,记熟了能省好多时间。还有,下载软件的时候,优先选带中文补丁的版本,虽然原版是英文,但装上中文补丁,操作起来方便很多,不用一直查翻译。
还有个小技巧,遇到不懂的模块或者参数,别瞎点,直接搜“DNAStar常用模块使用教程”,里面有详细的步骤,跟着学就行,新手别死磕,不然太浪费时间。另外,分析序列的时候,如果结果不对,先检查导入的文件是不是正确,再检查参数有没有设置错,大多是这两个地方出问题。还有,它有自带的示例序列,新手可以对着示例练手,熟悉操作,不用自己找序列文件,特别省事。
说实话,DNAStar不是什么高大上的软件,就是个实用的基因序列分析工具,不用把它想的太复杂。它比其他同类软件功能全,操作也相对简单,不管是学生党做课设,还是打工人做基因研究,都足够用。新手别害怕踩坑,踩几次坑,总结总结经验,慢慢就熟练了。我刚开始连模块都分不清,现在不管是序列拼接、比对,还是引物设计、蛋白质结构预测,用它都能轻松搞定,真的越用越顺手,学生物、做基因研究的朋友,真的可以试试,能省好多分析的功夫。