PyMOL3.1.3下载安装教程

想顺利安装PyMOL3.1.3 得先做好准备工作 PyMOL对电脑系统有要求 它支持Windows macOS和Linux系统 Windows系统建议是Windows7或更高版本 这样能保证软件运行稳定 硬件方面 因为PyMOL要进行3D模型渲染 所以至少得有4GB以上内存 还得有一块支持OpenGL的显卡 要是处理大型蛋白质结构模型或者做复杂分子动态模拟 那对硬件要求就更高了 像更快的CPU 更多内存以及专业图形处理单元（GPU） 能让运行更流畅 另外 安装时要保证网络能正常访问PyMOL官方网站及其下载资源 要是网络受限 可能得配置代理服务器 在Windows系统里 能在“控制面板”的“网络和共享中心”设置代理 Linux系统通常通过环境变量http_proxy和https_proxy设置

PyMOL3.1.3有多种安装方式 下面为你详细介绍

先说说从官网下载试用版安装 先访问PyMOL官方网站 找到适合自己操作系统的安装包 这里选Windows系统的EXE Installer 下载完成后 双击安装包 就会弹出安装向导 按照提示依次点击“Next” 在安装协议界面选“I Agree”继续 接着选安装模式 选“Just Me”就行 再点“Next” 然后选安装路径 默认在C盘 要是C盘空间不够 就点“Browse”换个路径 选好后点“Next” 最后点“Install”开始安装 等安装完成点“Finish”就行 不过这个试用版只有30天免费试用期 到期后得付费才能继续用 适合想先体验下软件功能 或者已经准备好为稳定服务付费的专业人士

要是想安装开源版 用预编译的wheel文件安装是个办法 不过得先安装Python 去Python官网下载适合自己操作系统的版本 安装时注意安装路径别有中文 也别有空格 还得选上pip 安装完Python 要进行环境配置 鼠标右键点“此电脑”图标 选“属性” 在弹出的页面选“高级系统设置” 再选“高级—环境变量” 到环境变量设置页面 点用户变量里的“Path” 选“新建” 把Python安装目录复制粘贴进去 像“C:\Users\计算机名称\AppData\Local\Programs\Python\Python312”和“C:\Users\计算机名称\AppData\Local\Programs\Python\Python312\Scripts” 系统变量也这么操作 设置好后点确定 配置完环境变量 按“Win + R” 输入“cmd”进入命令行 输入“python –V” 能看到Python版本号就说明安装成功了 要是报错“python不是内部或外部命令 也不是可运行的程序或批处理文件” 那就是Python地址没加到环境变量里 接下来安装依赖库 在命令行输入“python -m pip install numpy”“python -m pip install pmw”“python -m pip install pyqt5” 出现“Successfully installed”就说明安装好了 然后根据自己Python版本和操作系统位数 从相关链接下载对应的PyMOL安装包 像Python3.12和Windows64位系统 就下载“pymol_launcher - 2.6 - cp312 - cp312 - win_amd64.whl”和“pymol - 2.6.0a0 - cp312 - cp312 - win_amd64.whl” 把下载的安装包放一个目录里 比如“D:\YourName\test” 在命令提示符里切换到该目录 输入“python -m pip install --no - index --find - links="%CD%"pymol_launcher - 2.6 - cp312 - cp312 - win_amd64.whl”安装PyMOL启动器 再输入“python -m pip install --upgrade --no - deps pymol - 2.6.0a0 - cp312 - cp312 - win_amd64.whl”安装PyMOL主程序 安装完在命令提示符输入“where.exe pymol”运行PyMOL 找到“pymol.exe”所在文件夹 把执行文件添加到桌面快捷方式 一般在“\python\Scripts”文件夹里

用Anaconda安装开源版也不错 先下载安装适合自己操作系统的Anaconda版本 安装完打开Anaconda Prompt 输入“conda create -n pymol python = 3.8 - y”创建一个新Conda环境并安装Python3.8 再输入“conda activate pymol”激活环境 接着输入“conda install -c conda - forge pymol - open - source”安装PyMOL 安装完在Anaconda Prompt输入“pymol”就能运行PyMOL了 这种方法适合科研人员和学生 能避免很多环境配置问题 还方便管理不同项目间的依赖关系

安装完PyMOL 得验证下是否安装成功 在命令行里运行PyMOL 要是能成功启动 就说明安装没问题 启动后 能看到一个三维图形用户界面和命令行界面 在命令行输入“show sticks” 切换下显示模式 看看蛋白质结构的不同展示方式 检查下基本功能是否正常

安装过程中可能会遇到些问题 比如Windows用户安装时可能报缺少运行时库错误 这时候下载安装对应的Visual C++运行时包就行 macOS用户可能得调整系统安全设置 让从未经验证的开发者安装应用程序 要是安装开源版时依赖缺失 就仔细看看安装步骤 确认依赖库都装好了 遇到问题先读官方文档或安装指南 要是还解决不了 就去PyMOL社区论坛或者Stack Overflow等平台求助 一般社区里的热心用户或者开发者能给出解决办法