一、介绍

速度快

Aspera 最大的卖点就是速度。它比传统的 FTP/HTTP 下载快 10 倍到 100 倍。

A. 突破 TCP 协议的瓶颈

• **传统下载 (TCP)**：就像搬砖，搬一块就要问一句“收到没？”，收到回复了再搬下一块。一旦网络延迟高（比如从中国连美国），大部分时间都浪费在“问答”上了。
• **Aspera (FASP 协议)**：它基于 UDP 协议魔改而来。它像流水线一样疯狂往外扔砖头，不等待回复，只在最后检查哪些砖头碎了（丢包），然后只重发碎掉的那几块。
• 结果：它能完全跑满你的物理带宽，不管服务器是在美国还是火星。

B. 极高的稳定性 (断点续传)

• 不怕断网：下载 100GB 的数据，下到 99% 断网了？没关系，Aspera 支持断点续传，下次直接从 99% 继续，不需要重头再来。
• 智能流控：它能自动感知网络拥堵。如果有人在看视频，它会自动降速；如果网络空闲，它瞬间加速占满带宽。

C. 安全性

• 虽然我们在下载公开数据时通常关闭加密 (-T) 以换取速度，但 FASP 协议本身支持军用级加密（AES-128），这也是为什么好莱坞电影公司都用它传输母带。

应用场景

并不是所有下载都需要 Aspera。杀鸡焉用牛刀，但在以下场景中，它是刚需：

场景A：下载海量测序数据 (最常见)

• 数据量级：几十 GB 到数 TB。
• 例子：你要下载 100 个样本的人类全基因组测序数据 (WGS)。
• 对比：
• 用 wget：可能需要下载 2 个月，而且中间断一次就崩溃。
• 用 ascp：可能只需要 2 天，而且稳如泰山。

场景 B：跨国/跨洲传输

• 网络环境：高延迟、高丢包率。
• 例子：你在中国，服务器在美国 NCBI 或欧洲 EBI。
• 原理：距离越远，TCP 协议（普通下载）的效率衰减越严重，而 Aspera 几乎不受距离影响。

场景 C：下载参考基因组数据库

• 例子：下载 NCBI 的 nt 库（几百 GB）或 nr 库。这些大文件如果用浏览器下载，几乎百分百会失败。

二、Aspera安装（Linux）

1. 下载安装包

由于 IBM 官网现在禁止目录浏览（会报 403 错误），请直接复制下面的命令来下载 3.9.9 稳定版。这个版本兼容性最好。

# 直接下载到当前目录wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.9/ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz

• **如果提示 wget: command not found**： 请尝试使用 curl -O <链接>，或者在本地电脑下载后上传到服务器。

2. 解压文件

下载得到的是一个 .tar.gz 压缩包，我们需要把它解压出来。

# 解压命令tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz

解压后你会得到什么？你会看到一个后缀为 .sh 的脚本文件，名字大概长这样：ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.sh。

3. 执行安装

这是最关键的一步。直接运行刚才解压出来的脚本。

# 运行安装脚本bash ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.sh

注意：不要用 root 权限安装，直接用当前用户运行即可。 如果你用root账户运行后看到如下输出：

This script cannot be run as root, IBM Aspera Connect must be installed per user.

这意味着安装失败了！

• 原因：你当前使用的是 root 账户。Aspera Connect 是一款用户级软件，设计上禁止 root 安装。
• 解决：请切换到一个普通用户账号（例如 su - zhangsan），然后再运行安装脚本。

只有看到 "Install complete" 字样，才代表安装成功。

4. 配置环境变量 (永久生效)

很多新手装完后输入 ascp 发现系统提示“找不到命令”。这是因为你还没告诉系统软件装在哪了。

我们需要修改 .bashrc 配置文件。

第一步：将路径写入配置文件

直接复制下面这行命令执行（注意不要漏掉任何标点符号）：

echo'export PATH=$HOME/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc

• 解释：这句话的意思是“把 Aspera 的安装目录加到系统的 PATH 列表里，这样我在任何地方都能直接敲 ascp 命令”。

第二步：让配置立即生效

source ~/.bashrc

第三步：验证

现在，尝试输入查看帮助命令：

ascp --help

如果屏幕上哗啦啦出来一大堆帮助信息，恭喜你，安装配置完美成功！

5. 找到你的“万能钥匙” (秘钥文件)

Aspera 下载数据（尤其是 ENA 或 NCBI）需要一个私钥文件。这个文件在安装时已经自动生成了，但藏得很深。

秘钥文件的绝对路径是：$HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

为了以后使用方便，建议你现在就定义一个变量存起来：

# 1. 把这行也写入 .bashrc，以后每次登录都能自动用echo'export KEY=$HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh' >> ~/.bashrc# 2. 刷新配置source ~/.bashrc

以后你写命令时，直接用 $KEY 代替那个长长的路径就行了。

三、获取数据链接

很多同学装好了 Aspera，却卡在了最关键的一步：“我的下载链接去哪找？”尤其是现在的 NCBI 网页改版后，根本找不到以 fasp 或 /sra/ 开头的链接。

方法一：使用 ENA 数据库 (最推荐 ⭐⭐⭐⭐⭐)

理由：可以直接看到链接，且直接下载 .fastq.gz 格式（省去格式转换的麻烦）。

1. 打开官网

访问 ENA (欧洲核苷酸档案馆) 官网：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home

2. 搜索数据

在顶部的搜索框中输入你的 SRA 数据编号（例如 SRR11192680），点击 Search。

3. 找到下载栏

在搜索结果页面，点击 ID 进入详情页。往下翻，找到 "Read Files" 表格。 你会看到一列叫 **"FASTQ files (FTP)"**。

4. 提取链接

这里的链接通常长这样：ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR111/080/SRR11192680/SRR11192680_1.fastq.gz⚠️ 关键转换步骤： Aspera 不能直接用 HTTP/FTP 链接，需要稍微改一下：

1. 去掉头部的ftp.sra.ebi.ac.uk (或者 ftp:// 前缀)。
2. 加上用户和服务器前缀：era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk: (注意末尾有个冒号)。
3. 加上文件路径。

组合后的完整“地址”：era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR111/080/SRR11192680/SRR11192680_1.fastq.gz

方法二：使用 sra-explorer 工具 (懒人神器 ⭐⭐⭐⭐⭐)

理由：不需要动脑子拼链接，网站自动帮你生成完整的 Aspera 命令。

1. 打开网站

访问：https://sra-explorer.info/

2. 搜索并添加

• 在搜索框输入 ID (SRR11192680)。
• 点击搜索结果旁边的 **蓝色加号 (+)**，把它加入“购物车”。

3. 获取命令

• 点击页面上方的 **"Saved datasets"**（购物车图标）。
• 点击 "Aspera commands for downloading FastQ files" 按钮。
• 直接复制 弹出的代码框里的所有内容。

它甚至会贴心地帮你把 -l 100m -P33001 -i ... 这些参数都写好，你只需要粘贴到终端运行即可！

四、Aspera 命令行 (ascp) 实战

1. 基本语法结构

ascp 的命令结构非常像 Linux 自带的 cp (copy) 命令，只不过多了很多参数。

ascp [参数] [源文件地址] [目标目录]

• 参数：控制下载速度、加密方式、秘钥路径等。
• 源文件地址：服务器上的文件路径（通常以 用户@服务器: 开头）。
• 目标目录：你本地想存哪（通常是 . 表示当前目录）。

2. 核心参数详解 (必背)

在使用 ascp 时，以下 5 个参数是必须要加的，建议直接背下来或者存成笔记。

3. 实战案例

为了方便演示，我们假设你已经把秘钥路径存到了变量 $KEY 中：

export KEY="$HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh"

案例 A：从 NCBI 下载 SRA 数据 (经典场景)

• 源地址：anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR111/SRR11192680/SRR11192680.sra
• 特点：不需要 -P 端口参数。

ascp -i $KEY -QT -l 100m -k 1 \  anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR111/SRR11192680/SRR11192680.sra \  ./

案例 B：从 ENA 下载 FASTQ 数据 (推荐场景)

• 源地址：era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR111/080/SRR11192680/SRR11192680_1.fastq.gz
• 特点：必须加 -P33001 参数，且用户名为 era-fasp。

ascp -i $KEY -QT -l 200m -P33001 -k 1 \  era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR111/080/SRR11192680/SRR11192680_1.fastq.gz \  ./