ascp下载挂了吗?看看大道至简的下载方法

ascp: failed to authenticate, exiting.Session Stop  (Error: failed to authenticate)

用我之前写的更新版本的也不行了：数据下载喊你来看：ascp 

其他方法

这个时候我想起了我们生信入门班级第三周的linux课上面，萌老师有一次给大家介绍了很多的fq数据下载方法，我去他的公众号重新回顾了一下，找到了下面的帖子：

用iSeq下载原始测序数据

用ffq下载原始测序数据

用fasq-dl下载fastq数据

gget一个综合性的生物信息查询和下载工具

用kingfisher下载原始测序数据

额，测试了好几个工具后，我发现他们下载数据的方法基本上都是使用http的方式或者调用ascp。

现在ascp挂了，那还说啥啊！！！

比如我以为可以用多线程的 iSeq：

# 环境配置conda create -n aspera -c conda-forge ruby aspera-cliconda activate asperaconda install iseq -y# 测试一个数据看看iseq -i ERR2498028 -g -t 8 -p 2

上面帖子中的备注参数：

• -i是--input，必须要指定的参数
• -g 是--gzip, 直接下载fastq.gz格式的文件，免去转换的步骤
• -t是--threads, 指定用8个线程来下载
• -p是--parallel,可以并行的下载数据，而非串联下载，这一步我设置成2，iSeq将会同时下载两个文件，速度更快。这个功能是之前别的工具所不具备的，好评！

看到-t我还以为能加速呢！

走的ftp路径，下载速度感人肺腑！

然后我看了下参数：

iseq -h

-t 只是人家用来将SRA转为fq的时候用的线程数。

可以添加 -a 来指定 ascp下载，但是ascp现在挂了啊！

那还是用以前的套路下载吧！

大道至简的下载方法

既然有ftp地址，那就上 axel, wget -c 等这些命令。

项目去ENA数据库得到 fq链接表格：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB25780

把刚刚选择的下载下来，格式选择 TSV：filereport_read_run_PRJEB25780-RNA.txt

选择RNA样本。

上传到服务器rawdata目录，得到fq链接：

# 查看 链接在哪一行：head -n 1 filereport_read_run_PRJEB25780-RNA.txt |tr '\t''\n' |cat -n |grep "fastq_ftp"# 我这里为30行# 30 fastq_aspera# 得到fq链接cut -f 30 filereport_read_ru*  | tr ';''\n' | sed '1d' >fq.url# 看一下链接：head fq.url |cat -A # 如果行尾存在^M字符 可以运行这句# sed -i -e "s/\r//g" fq.url

写个循环得到down.sh：

cat fq.url |whileread id doecho"axel -n 30 $id"done >down.sh# 检查生成的down.sh文件less down.sh# 下载nohup sh down.sh 1>down.log 2>&1 &

这个速度技能树的服务器专线太恐怖了！一个fq仅用2分钟！赞！

最后，今天520过节福利：单身的别走，技能树拉了个群，免费来领个对象吧！